重庆轨道交通环线是采用双向运行的方式。重庆轨道交通环线运行方式采用内环和外环两个方向运行，其中内环为顺时针行车方向，外环为逆时针行车方向。
此外，重庆轨道交通环线还有全程末班车和半程末班车，需要大家注意。具体两者的运行方式为，全程全程末班车为列车从始发站发出后，运行一圈最后回到始发站。半程末班车为列车从始发站发出，运行半圈后到达终点站后列车返回车场。需要大家注意的是，重庆轨道交通环线的半程末班车的发车时间是晚于全程末班车。
内环方向
全程末班车始发站：重庆图书馆
运行路径为：重庆图书馆→重庆北站南广场→四公里→重庆图书馆；
半程末班车始发站：重庆图书馆
运行路径为：重庆图书馆→重庆北站南广场→四公里。
外环方向
全程末班车始发站：二郎
运行路径为：二郎→四公里→重庆北站南广场→二郎；
半程末班车始发站：二郎
运行路径为：二郎→四公里→罗家坝。
